По сюжету отважное племя Патапонов переходит мост, который был построен в конце предыдущей части игры. По пути следования племя обнаруживает загадочную коробку и к своему несчастью открывает её, выпуская на волю семерых злобных духов. Духи обращают в камень всех Патапонов, за исключением Хатапона. Ему удаётся избежать тяжкой участи своих соплеменников, после чего Хатапон находит на дне злополучной коробки серебряного Хошипона. От Хошипона главный герой получает силу, позволяющую ему одолевать злых духов.

«Patapon 3» является третьей частью в серии стратегических игр, ориентированных на ритм. Вы сможете отправить нового героя игры в гущу врагов и уничтожить их при помощи мощных ритмических атак. Также в третьей части реализована возможность многопользовательских поединков с участием восьми человек и кооперативного прохождения игры.